В ноябре 1918 года приказом Реввоенсовета республики № 220 была определена организация первых органов и подразделений противохимической защиты в действующей армии.
5 декабря 1920 года в Петроградском военном округе была сформирована учебно-инструкторская рота противогазового дела для подготовки химических инструкторов. 5 декабря 1925 года приказом РВС СССР № 790 в округе создан отдел воздушно-химической обороны.
Приказом НКО № 181 от 13 августа 1940 года структура окружного аппарата была реорганизована в отдел химической защиты.
С октября 1941 года по май 1945 года в состав отделов, управлений, а также частей и учреждений охраны и обслуживания полевого управления Ленинградского фронта входило военно-химическое управление.
С 15 марта 1980 года отдел переименован в управление химических войск.
1 мая 1998 года на основании директивы ГК СВ МО РФ № 453/1/0820 от 25.12.1997 года управление войск РХБ защиты ЛенВО переформировано в отдел войск РХБ защиты ЛенВО.